胎儿心脏彩超检查，通常在孕18-28周进行，较为理想的时间应在24-28周，此时宫内空间较大，在羊水衬托下，可以清晰显示胎儿心脏的解剖结构，容易获得标准切面。但检查时间并非绝对，比如在18周以前进行检查，大多也可以发现胎儿复杂、严重的先天性心脏病，如单腔心、单心房、单心室，或者是完全性房室间隔缺损等。此种预后较差的先天性心脏病，及早发现较为有利。
另外，还有部分胎儿的心脏异常会发生在孕晚期，如28周以后出现卵圆孔血流受限、卵圆孔早闭，或者是动脉导管早闭，此类胎儿的左右心比例会明显失调，可见于右心增大，主动脉与肺动脉之间比例失调，三尖瓣大量反流，甚至影响到右心功能。当孕妇在孕晚期出现此情况，也需要做详细的心脏超声检查。