抗核抗体阳性提示可能存在自身免疫性疾病，尤其结缔组织类疾病，如系统性红斑狼疮 、系统性硬化症等。但抗核抗体阳性不完全提示存在自身免疫性疾病，可见于其它情况，当抗体滴度较低时正常人中可存在假阳性，慢性感染或肿瘤的患者也可能出现抗核抗体阳性的情况。因此临床查到抗核抗体阳性，需根据表现进行综合判断。
由于目前国内实验室检测抗核抗体吻合度仅有60%一致性，所以若临床并非特别支持自身免疫性疾病存在，而仅为抗核抗体阳性时，需到相应实验室进行复核，若多家实验室明确提示存在抗核抗体阳性，即可能存在自身免疫性疾病，需进行密切监测随诊。此外，抗核抗体为抗体总称，包括5大类抗体，需根据不同临床表现进行判断，仅抗核抗体阳性难以诊断具体为何种自身免疫性疾病。