口腔溃疡有一类是创伤性溃疡，它可能有以下四个原因引起：
1、残根残冠尖锐的边缘嵴和牙尖对黏膜的长期慢性刺激；
2、油煎或较硬的食物，设计或制作不当的义齿，刷牙等不慎造成；
3、误食强酸、强碱或因口腔治疗操作不当造成腐蚀性药物外溢，损伤黏膜；
4、因饮料、开水、食物过烫引起黏膜灼伤，或因口腔内低温治疗操作不当引起冻伤。
临床上更常见的一类是复发性口腔溃疡，具有周期性、复发性、自限性特征，溃疡的疼痛明显，但该病目前病因及致病机制不明，存在着明显的个体差异。有人提出遗传、环境和免疫三联因素，也有人提出二联因素即外源性感染因素和内源性诱导 因素。目前学界的趋同看法是多种因素综合作用的结果。近年来大量研究提示，免疫因素是复发性口腔溃疡最重要的发病机制，它也有一定的遗传倾向。另外，不良事件引起的患者的心理反应，食品添加剂和营养失衡，以及生活节奏和生活习惯等环境和社会因素，均与复发性口腔溃疡的发生有一定关系。