溃疡性结肠炎最常见并发症为中毒性巨结肠，重症溃疡性结肠炎患者中发生率约为5%。溃疡性结肠炎本来是黏膜与黏膜下层病变，但中毒性巨结肠患者整个肠道全层黏膜均出现炎症，出现急性扩张，引起中毒性表现，如腹痛、腹胀、发热等，易出现肠穿孔。且中毒性巨结肠需紧急手术，但预后较差。
另一个常见并发症是在溃疡性结肠炎基础上出现癌变，所以一般对于广泛性结肠炎，8-10年以上或左半结肠炎15年以上，需两年一次监测肠镜，注意早期监测，可发现结肠癌变。再一个并发症是肠大出血，约3%左右患者可以出现肠梗阻、肠穿孔，一般在中毒性巨结肠基础上出现肠穿孔。