角膜移植术后一般建议患者长期使用眼药水。全层移植和内皮移植的患者都容易发生内皮型的排斥，一旦发生排斥角膜就会不透明，这类患者需长期用药。但长期用药也有区别，1年以内尤其是3-6个月内使用频次较高，1年以后若情况稳定次数可适当减少。
板层移植部分患者比较稳定，在拆线以后可以慢慢停药，但一旦发生排斥或角膜不适的情况需及时到医院就诊。角膜移植与白内障手术不同，白内障术后患者可能很多年没事，但角膜移植若常年不随访，患者可能会存在各种问题。
还有一种特殊类型为角膜缘移植，即眼白和 眼黑之间的边缘移植排斥的风险非常大，可能要终身使用免疫抑制剂。
所以不同的角膜移植患者，用药方式有所区别。最基本的原则是早期用药较多，晚期可以维持，不一定要用非常多的量。