真菌性角膜炎首选抗真菌眼药水，包括纳他霉素，即那特真眼药水，以及氟康唑、酮康唑眼药水。其次为抗细菌的眼药水，如妥布霉素眼药水以及夫西地酸眼药水。真菌性角膜炎首选的抗生素是抗真菌眼药水，与病原体一致，针对病因进行治疗。真菌性角膜炎起病和进展缓慢，特点是有植物外伤史，经常见于农忙、农作物收割时，即常见于农民这类人群。
角膜由于有擦伤，因此可以感染真菌，常见的真菌有镰刀菌以及念珠菌。在真菌性角膜炎的表现中，有症状和体征分离的现象，称为症征分离，即患者的症状、主观感觉并不明显，角膜上有溃疡灶，会有红、疼痛、流泪，但患者完全可以忍受，并没有明显不适。而临床上进行检查时，角膜溃疡灶已经非常严重，甚至可能会引起眼内炎、前房积脓。