肾盂肿瘤位于肾盂内，常见尿路上皮肿瘤，95%为移行细胞肿瘤，5%为鳞癌、腺癌等。需要将能够引起上尿路梗阻的病变进行分析鉴别。
肾盂肿瘤长在肾盂内，行造影、CT检查时可以观察到肾盂内有菜花状充盈缺损。结石、急慢性炎症、肾盂肉芽肿、服用抗凝药易出现出血情况，在肾盂内形成血块，需与肾盂肿瘤进行鉴别。临床常见肾盂肿瘤向外面生长直到肾实质内，以及肾脏肿瘤向外生长，部分肾脏肿瘤向内生长，突破肾盏、肾盂，形成类似于肾盂内的占位。此时CT、造影检查提示肾盂内充盈缺损，与肾盂肿瘤难以鉴别，可以通过肾动脉造影、PET-CT、尿脱落细胞学检查来鉴别。结石形状规则 ，呈圆形、类圆形，CT检查、平扫及增强扫描均表现为高密度。结石的存在易诱发感染，也可能导致肾盂鳞癌，需通过进一步检查来鉴别。