肺炎支原体感染一般相对疗程要比细菌感染疗程长，因为细菌感染一般是2周疗程，支原体感染一般需要3周疗程。支原体治疗疗程长短与机体状态有一定关系。比较年轻、没有基础疾病、平时状况较好的患者，疗程要相对较短。如果年龄较大、基础疾病较多、自身免疫状况差，疗程也许会更长，但一般疗程需要3周。而且支原体感染治疗使用大环内酯药物，可能有耐药性，这样也会影响疗程。如果感染支原体本身耐大环内酯类药物，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，则疗程会更长。
如果是18岁之下的耐药患者则只能用四环素类，不能用喹诺酮类药物。对于18岁以上的患者如果大环内酯类耐药支原体感染可以选择喹诺酮类，如使用左氧氟沙星、莫西沙星进行治疗。所以疗程长短需观察患者年龄大小、基础疾病状态、感染病原体是耐药菌还是敏感菌。