尿道旁腺实际上是一个外分泌的腺体，只要是腺体器官，在微观结构上都存在腺管样的排泌结构。如果出现局部的微小病变，比如感染，就会导致排泌小管出现梗阻、狭窄，也会导致分泌的液体在局部潴留。随着时间的推移，潴留的液体会形成小小的液泡，慢慢地进一步增长为囊肿。
尿道旁腺囊肿一般不需要进行特殊的治疗，如果囊肿的体积比较大，已经明显地影响外生殖系统的清洁卫生，包括影响到外生殖系统的外观，对性生活、个人卫生都造成一定影响，这时候尿道旁腺囊肿，可以做一个简单的切除手术。
但是也有个别患者的尿道旁腺囊肿并不 是特别大，但是出现合并感染的并发症，已经出现尿道旁腺囊肿向尿道旁腺脓肿转变的趋势。这种情况下，对于感染性的疾病病变，一定要在药物控制感染的前提基础上，尽可能早期地实施切除手术，才能达到很好的治疗目的。