小肠镜检查首先需要做麻醉，麻醉有插管麻醉与静脉麻醉，大部分人做静脉麻醉。经口小肠镜跟胃镜检查路径相同，只是到达胃、十二指肠后，继续静止往下推进，一直检查到上段小肠。经肛小肠镜与结肠镜途径相似，只是到回盲部时，继续向上推进，检查完整回肠部位。经口小肠镜准备跟胃镜准备相似，经肛小肠镜跟结肠镜准备相同。
小肠镜主要检查小肠，小肠比较长，一般人小肠约有5m-6m，小肠镜进镜途径有两个方向，经口小肠镜和经肛小肠镜，经口小肠镜主要检查小肠上段，即空肠部位，经肛小肠镜主要检查小肠下半段，即回肠部位。通常大部分患者通过这两个方向，能够完整检查小肠。也有部分患者，即使通过经口或者经肛小肠镜检查，仍然有部分小肠没有观察到部位。