乙型肝炎患者的抗乙型肝炎病毒治疗，如注射干扰素，包括普通干扰素以及长效干扰素，通常疗程是0.5-1年的时间，少数患者可以延长2年以上。具体注射干扰素的时间，要因人而异、因病情而异。注射干扰素的目的是为让表面抗原下降，甚至获得表面抗原的清除，甚至出现表面抗原的血清学转换，即表面抗原阴转，而表面抗体出现，为乙型肝炎治疗的目标。
部分患者表面抗原本身较低，比如在100IU/ml，此时注射干扰素，能够达到清除病毒的概率较高。患者可以先注射半年，半年以后如果表面抗原得到明显下降，还可以继续注射。但如果注射半年后，表面抗原没有明显下降，可 以暂停注射。同时也要结合患者本身注射干扰素的不良反应，以及耐受状况、耐受的水平进行决定。如果注射一段时间患者无法耐受，因为严重的不良反应，比如发热、全身酸痛、厌食，甚至出现甲状腺功能亢进等严重不良反应，无法继续注射，也可以暂时终止。