激光祛疣会复发，局部的疣体随着激光治疗被祛除，但是人乳头状瘤病毒会留存于患者的皮肤表面，或者是黏膜层。当抵抗力下降时，如过于劳累、工作压力过于大，没有休息好，或者是妊娠期，此时皮肤或者是黏膜层出现刮擦的微创面，有可能再次被人乳头状瘤病毒所感染。
或者是碰触不洁的毛巾，或者是碰触到病人的体液，或者是分泌物都有可能会引起继发感染。此时有可能会出现疣体的复发，但是原位复发的几率不大。
当患者身上出现扁平疣或者是丝状疣，要早期进行激光祛除，以免在自身创面，或者是皮肤，或者是黏膜出现播散，导致疣越来越多，导致进行治疗时，需要的创面恢复期会相应变化，患者舒适度可能也会有较大改变。
所以激光治疗越早做，瘤体越少，花费越小，恢复也越快，治疗的舒适度也越高。