原发性三叉神经痛多发生于三叉神经第二、三支。其疼痛通常为单侧，很少越过面部中线出现双侧疼痛。患者一般疼痛突然发作，呈闪电样、针刺样、刀割样或灼烧样，持续时间较短，持续时间较短，多在1分钟以内停止，间隔期可完全正常。
原发性三叉神经痛有诱发因素，比如说话、吃东西、饮水、刷牙，甚至是声音、响声，都可诱发疼痛发作。患者面部可有“扳机点”，触之可诱发三叉神经痛发作。因疼痛剧烈，患者可有面部表情异常，包括面红耳赤、流泪、流涕，以及特别痛苦和僵硬的表情。
原发性三叉神经痛需要注意跟继发性鉴别，如果如果患者伴有局部麻木，或相应体征时，要考虑继发性的 三叉神经痛，必要时要做头颅CT等检查，排查其它疾病。