导致患者出现细菌性肝脓肿，主要的原因是细菌通过血液或胆道进入肝脏，而形成的感染性疾病。比较常见的病因有胆道系统感染，如结石引起的胆道逆行感染，或是腹腔内的感染，通过门静脉系统的血液进入肝脏而形成，包括有腹腔内的脓肿或是穿孔性的肠道疾病。胆道系统部分患者有胆管结石，逆行性的细菌感染也可以通过胆道进入到肝脏定植。
其实较多患者找不到具体的原因，如部分老年患者、糖尿病患者如果出现发热，持续发热几天找不到具体病因时，又伴有肝区疼痛、肝功能异常，通常就需要警惕肝脓肿的可能。在临床上经常会碰到，开始按照肺部感染或上呼吸道感染来治疗的肝脓肿患者，通过输液、消炎治疗后症状没有缓解，反而发热越来越明显，一般通过腹部超声就可以确诊肝脓肿。