肛瘘手术住院时间与肛瘘复杂性有关，肛瘘可大致分为两类，一类是复杂性比较低的低位单纯性肛瘘，另一类是高位复杂性肛瘘。
1、低位单纯性肛瘘：由于瘘管位置比较低，手术创面比较浅，术中、术后并发症比较少，术后恢复都比较顺利，术后需要住院时间为1-2周，甚至更短，出院后可选择每日或者间隔1-2日到医院换药，直至肛瘘完全愈合；
2、高位复杂性肛瘘：由于瘘管位置比较高，手术创面比较深，术中、术后并发症相对更多，术后恢复时间也比较漫长，有些人需要住院1个月、2个月，甚至更长时间。
总而言之，肛瘘患者住院时间主要与肛瘘病情的严重程度、复杂性有关，简单的可以很早出院，复杂的需要做好长期住院的准备。