通常不建议会厌囊肿的患者选择药物治疗，且消炎药和中成药都不建议患者服用。因为导致患者出现会厌囊肿的原因，为黏液腺表面口出现堵塞，引起黏液聚集黏液腺内，服用药物无法消除黏液。具体治疗会厌囊肿的方法如下：
1、定期复查：患者的会厌囊肿较小并且没有症状时，不建议患者进行手术，只需定期复查即可；
2、手术治疗：如果患者囊肿较大，并且已经压迫喉头，引起患者出现吞咽或者是呼吸困难等症状，患者需进行激光或者低温等离子的手术治疗。通常选择在全麻下进行手术，在患者进行全麻插管后，使用激光或者等离子，沿囊肿周围，将囊壁完整切除干净再送至病理科。术后需要告知患者尽量避免辛辣刺激的饮食，同时避免咳嗽和血压增高的发生。因为囊肿切除后不会进行缝合，如果患者出现频繁咳嗽或血压升高，且经常食用干燥、刺激性食物时，会引起患者出现术后出血，可能需要进行手术止血。