新生儿窒息后的后遗症，主要就是脑的损伤，这是比较严重的后遗症。如果只是轻度的窒息，可能脑损伤并不是很严重，可以做影像检查来观察，或者观察孩子是否有神经系统的表现。窒息以后还容易出现脑室内出血及颅内出血的情况，因为在缺氧的情况下，特别是早产儿或者新生儿时期，容易出现脑出血的情况。重度窒息伴有严重脑损伤的小孩子，可能出现脑瘫或者脑软化。新生儿窒息以后，比较严重的后遗症主要是窒息缺氧以后对脑的损伤。当然，新生儿窒息后对于其它器官也会有影响，因为在缺氧的环境中，包括消化道、呼吸循环系统都会受到影响。
严重的窒息缺 氧会引起消化道暂时性的功能的减退，在在吃奶或者喂养过程中，可能由于窒息缺氧严重导致消化功能不好，出现暂时喂养不耐受的情况。另外，严重的窒息缺氧以后，机体可以出现乳酸增多、循环不好等。乳酸是体内无氧酵解分泌的产物，组织缺氧的情况下会引起各个脏器的损害，包括肾功能的损害、心肌的损害以及肝脏代谢的损害等。
新生儿严重窒息以后，是一个全身系统的反应。新生儿窒息不是特别严重的情况下，恢复会比较快，包括机体的代谢、胃肠道功能、心血管功能、肾脏功能等。但是出现严重窒息的情况下，就可能出现严重的循环功能障碍、严重的肾功能损伤、肾瘘、肺水肿和机体水肿、消化道出血、脑损害、脑软化、脑瘫等预后不良的表现。