系统性红斑狼疮强调个体化治疗，因为系统性红斑狼疮的情况因人而异，不同患者病情程度、受累的系统和脏器不尽相同，因此需要制定个体化治疗方案。原则上系统性红斑狼疮，应该根据病情的轻重应用激素加免疫抑制剂治疗，轻症患者可以应用中等量或小量激素加免疫抑制剂，重度活动患者可能应用足量激素加免疫抑制剂，危重患者可能应用激素冲击治疗，或结合免疫抑制剂大剂量冲击治疗。
系统性红斑狼疮还可应用中西医结合的办法，通过扶正祛邪、补益肝肾、补益脾胃，调节脏腑功能，祛风散寒、活血通络、驱散邪气，达到 协同治疗，减少西药副作用的目的。