儿童期发现的肾囊肿大部分和先天发育有关，因此存在一定遗传性。肾囊肿包括单纯性肾囊肿、多囊肾，多囊肾又包括婴儿型多囊肾和成人型多囊肾、多房性肾囊性变、肾髓质囊性病等。单纯性肾囊肿多见于成人而罕见于小儿，因此认为单纯性肾囊肿为后天性，不具遗传性，属于良性，也不会出现肾衰竭。
但儿童时期单发肾囊肿可能是成人型多囊肾的早期表现，因此需要详细检查评估，看有无其它脏器囊肿、血压、家族史等情况，同时定期随访复查。多发性肾囊肿以及多囊肾可能会对肾脏功能造成一定影响，最好立即进行详细检查评估。因此，儿童期肾囊肿无论大小和多少，均应仔细评估、定期随访。