舌下腺是人体大唾液腺中唯一的纯黏液性腺体，临床上舌下腺囊肿的患者较为常见。舌下腺本身的黏液是通过舌下腺导管排出，导管可以在口底直接开口，也可以在颌下腺导管的开口处排出。
炎症或其他损伤的原因会导致导管阻塞，黏液无法排出，舌下腺分泌的黏液就会在腺体内形成假性的黏液池，综上所述，就是舌下腺囊肿的由来。
基于上述原理，有人提出能否将舌下腺囊肿切开后做开窗引流术，但是实践结果证明经过此类治疗后，有一定的几率会导致囊肿复发，因此主流的治疗意见还是将舌下腺连同囊肿一起切除，其中舌下腺必须切除，可以获得比较好的治疗效果。
此外，现 在也尝试了其他的微创办法，比如局部注射碘酊，经过多次注射或一次注射以后，也有部分患者可以治愈，是一种不开刀的治疗方案。