牙齿色素沉淀，临床常见以下几种原因：
一、外源性色素沉淀：
如果经常食用含有色素的食物，或经常饮用含有色素的饮料，如长期大量饮用浓茶、咖啡、可乐、食用含有色素的药物，以及长期大量吸烟，食物、饮料、药物或者烟草当中的色素，就可以沉积在牙面上，出现牙齿色素沉淀。
二、内源性色素沉淀：
1、氟斑牙：如果在牙齿发育期间，生活在高氟地区，氟离子进入牙齿硬组织，使牙釉质发育不全，使牙齿从淡黄色一直到褐色，颜色不等；
2、四环素牙：如果在牙齿发育期间，服用四环素类抗生素，四环素类药物会沉积在牙本质，使牙齿 呈现不同的颜色；
3、牙髓坏死：如果受到了外伤，牙髓慢慢出现坏死，或者形成牙髓炎、根尖炎，牙髓发生坏死，牙齿也会出现变色，可能从灰黄色变成灰褐色；
4、龋齿：牙冠咬合面或邻面出现龋坏，龋洞内的腐败、坏死组织，会透过牙齿硬组织，呈现一定程度的颜色，出现牙齿色素沉淀。