存在结构畸形的先天性小耳畸形患儿可考虑手术处理，一般年龄＞6岁，身高1.2m，胸围＞55cm可进行手术治疗。但术后可能出现创面感染、植皮皮瓣坏死、软骨外露、疤痕、创面疤痕形成、疤痕挛缩，从而影响再造耳廓塑形效果。
耳廓再造术是困难、复杂的手术，虽然现在能够做到使再造耳廓形状和正常耳廓相似，但由于正常耳廓软骨属于弹性软骨，肋软骨属于透明软骨，不含有弹性纤维，因此再造耳廓柔软度和弹性度不能达到和正常耳廓完全匹配。对于要求行耳廓再造术并能够理解手术困难，对结果抱现实态度的患儿皆可进行耳廓再造术，否则需要慎重。而目前针对小耳畸形手术目前有两种方法：
1、直埋法，即Nagata法；
2、水囊法。
手术一般需要2-3次，每隔半年做1次，手术中均需要取自身肋软骨进行雕塑，甚至还需要进行局部植皮治疗。