子宫内膜薄主要损伤部位是功能层，引起子宫内膜过薄的原因有全身性因素和局部性因素，具体如下：
1、全身性因素：主要是内分泌失调，如全身疾病影响，还有卵巢或下丘脑-垂体-卵巢轴功能失调，造成雌激素水平过低，不能对子宫内膜有刺激和营养，使内膜过薄；
2、局部性因素：子宫内膜损伤，如人工流产是很常见的子宫内膜损伤原因，还有宫腔镜操作也会引起子宫内膜过薄，宫腔粘连也会损伤内膜；由于子宫发育畸形也是属于局部原因，在子宫发育过程中间没有受到激素很好刺激，子宫先天发育就不足，造成子宫发育是幼稚型子宫，B超还有造影下看见子宫是狭长的长条状，内 膜也非常薄。
临床比较多见的全身和局部因素，全身主要是内分泌失调，局部是有损伤及先天发育畸形。
子宫内膜位于子宫最内层组织，子宫从外到内有浆膜层、子宫肌层还有内膜层。从组织学上来讲，分为生殖期子宫内膜还有分泌期子宫内膜、月经期子宫内膜。从形态学上来讲，分为基底层和功能层，功能层随着卵巢周期变化发生变化，也就是随着卵巢发生增殖期、分泌期然后月经期脱落，基底层不随着周期变化但可以补充功能层。