应用环磷酰胺治疗肾病综合征，需同时应用其它的免疫抑制剂联合治疗，绝大多数肾病综合征可以得到明显缓解，甚至好转。治疗肾病综合征的时候，除了应用免疫抑制剂以外，还需要应用血管紧张素转换酶抑制剂、血管紧张素受体拮抗剂，同时应用某些中成类的药物，如百令胶囊或者肾炎康复片，或者金水宝降低蛋白尿。
环磷酰胺作为一种比较便宜的免疫抑制剂，临床上应用比较广泛，而且应用时间比较久，绝大多数的副作用都可以预估。这个时候就可以和肾病综合征患者沟通，如果允许或者根据患者的医院，可以采用环磷酰胺。环磷酰胺单独应用 效果不好，必须联合其它免疫抑制剂，比如以糖皮质激素为主。
环磷酰胺应用的方法有很多种，比如口服就是每天2mg/每kg体重，根据情况继续调整，也有静脉使用的情况，可以每个月用1次，也可以每周用1次或者每2周用1次，一般情况下是每个月用1次，应用2天的剂量，每天的剂量是每kg体重8-12mg。
应用环磷酰胺时，总量要控制在＜每kg体重150mg以下，因为环磷酰胺对肾病综合征有效，但是副作用也比较大，如骨髓抑制、性腺抑制等。