发生器官衰竭的处理方式不尽相同，如发生急性心力衰竭可以采取无创机械通气，或者应用呋塞米利尿，或通过硝酸甘油、硝普钠扩张血管，也可以应用强心药进行抢救；如果发生急性呼吸衰竭，主要是通过呼吸机进行治疗；而急性肾损伤，可以进行血液净化治疗。
如果是慢性的器官衰竭，通常可以进行药物治疗配合辅助的支持治疗。多器官功能衰竭的患者通常病情比较重，预后比较差，一般需要到重症监护室进行监护、综合治疗。在治疗器官功能衰竭的同时一定要明确原发疾病，从源头着手进行治疗，可以取得较好的疗效。因此，多器官功能衰竭一定要早期发现、早期治疗，才能达到事半功倍的效果。