目前CT检查是临床常规检查之一。因CT检查工作原理是利用X线穿透作用成像，同时X线具有电离作用，众所周知电离辐射对人体有一定危害，所以心脏CT检查副作用之一即电离辐射对身体伤害，但不必过于担心甚至恐慌。通常在医院接受CT检查辐射剂量非常小，导致癌症或者遗传性疾病发生概率非常低，接受一次信息检查致癌概率不会超过1/10000。同时CT检查时，工作人员会对射线敏感部位进行有效遮挡，辐射危害可累积，所以不提倡短时间内频繁或者长期接受CT检查。
心脏CT检查通常需要做增强扫描，要注射含碘造影剂，可能会出现碘过敏不良反应，以及碘剂对肝脏、肾脏毒副作用。因此出现碘过敏反应后，应及时通知临床医生，按照医疗原则进行相关治疗和抢救，同时检查后多饮水，加速造影剂排出。