患脑囊虫病后要进行驱虫治疗，在驱虫治疗前要检查眼底，确保眼底无囊虫才能进行驱虫治疗。驱虫治疗首选药物是吡喹酮，是一种广谱抗蠕虫药物，对于囊虫效果比较好，药物副作用比较小，大多数患者都能够耐受，还有丙硫米唑、甲苯咪唑等。一般在服用该药时，脑囊虫可能会出现肿胀、坏死，会导致周围脑组织出现炎症反应，患者会出现脑水肿的情况，所以一定要在医院进行吡喹酮治疗。
一般用药要从小剂量开始，逐渐加量，如果出现颅内压增高的情况，要及时应用脱水药物，如果患者脑室内有脑囊虫，可以通过手术治疗将囊虫摘除。还要进行肠道驱虫治疗，脑囊虫是肠道绦虫的幼虫，将肠道内的绦虫进行驱虫治疗，才能防止病人再次出现感染。绦虫驱虫可以用南瓜子、槟榔水等，也有相关药物可以选择。如果脑囊虫出现钙化，有可能会引起癫痫，还要进行预防癫痫的治疗。