自身免疫性甲状腺炎也称桥本氏甲状腺炎，是机体把甲状腺当成抗原产生的自身抗体，包括甲状腺球蛋白抗体、微粒体抗体。桥本氏甲状腺炎的疾病一般分成两个阶段，具体如下：
1、第一阶段：只是抗体的升高，这时甲状腺激素的水平并没有变化所以患者大多没有临床症状和体征，只是在体检时偶然发现抗体的升高。从抗体升高到发生甲状腺功能减退时间长短不一因人而异，有些患者3-5年就发生甲状腺功能减退，有些患者8年、10年乃至终身都没有发生甲状腺功能减退；
2、第二阶段：随着疾病的进展，淋巴组织逐渐代替甲状腺组织，致使甲状腺激素的合成、分泌场所减少而发生甲状腺功能减退。这时患者出现甲状腺功能减退的症状如记忆力减退、嗜睡、关节疼痛、体重增加、黏液性水肿，女性患者还可出现月经紊乱，以月经量增多为其表现。
发生甲状腺功能减退时给 予左甲状腺激素替代治疗，桥本氏甲状腺炎导致的甲状腺功能减退一般需要终身服药。如果一旦停药患者甲状腺功能减退症状会再次出现，这是因为自身免疫性疾病使得甲状腺组织逐渐减少。