小儿赖氨酸颗粒的副作用包括可能会造成过敏、肝肾损害以及便秘等。小儿赖氨酸颗粒是一种中药制剂，主要用于治疗小儿厌食、小儿遗尿等病症，该药主要的配方为鸡内金、山楂、赖氨酸、乳酸锌，而赖氨酸是蛋白质的重要组成成分，是人体不能自身合成，但又十分需要的氨基酸。但是这种物质能够造成过敏，所以孩子口服此药的时候，需要注意过敏反应，如果发现有皮疹、皮肤瘙痒等表现，应及时地停用。
此外，该药物也不能长期地服用，因为药物的代谢需要经过肝脏以及肾脏，由于孩子的肝肾功能发育还不完善，长期服用可能会造成 肝肾功能的损害。所以在临床中应根据具体情况，酌情决定使用时间，并且遵照医嘱使用。