恶性胃肠道间质瘤治愈的可能性相对比较小，但是通过服用靶向药可以让病情得到较好的控制。
恶性胃肠道间质瘤，一般指的是复发转移胃肠道间质瘤，还有部分初始肿瘤比较大，不可切除或者潜在可切除的胃肠道间质瘤。中危和高危的胃肠道间质瘤有转移复发的可能，危险度越高，越容易转移、复发。随着肿瘤的不断耐药以及复发，患者的身体状况一般也会越来越差。所以恶性胃肠道间质瘤治愈的可能性相对比较小。
这部分患者需要服用靶向药物治疗，包括伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼、瑞派替尼等。从目前的治疗效果来看，这些靶向药的效果相对较好，复发转移或无法手术治疗的患者的中位生存时间，已经从一年半提高到了5年以上，甚至20%的患者可以生存超过10年，处于带瘤生存的状态。