先天性甲状舌管囊肿可以被治愈，实际甲状舌管囊肿并非属于肿块范围。多数儿童可能在年龄较小，如数月或1岁左右就诊，并无红肿、发炎症状时可进行观察，待儿童年龄较大后进行手术，此时手术标志较为清晰，同时术后护理换药也较为方便。家长无需过度担心先天性甲状舌管囊肿发生癌变，并非属于肿瘤，恶变几率较小，可通过手术切除达到治愈目的。
通常对于外生型肿块患者需进行颈部手术，由于甲状舌管囊肿附着于舌骨上，切除时需要将舌骨切除部分才能彻底治愈。对于少部分囊肿经过舌骨而没有切除时，可能会造成残留且易复发，此种情况临床较少见。对于内生型甲状舌管囊肿需进行内外结合治疗，即内部在支撑喉镜下进行切除，外部需进行探查，以更好缓解病情。