对于颅骨缺损直径＞3cm的患者，如果病情稳定，建议早期行颅骨修补。如病情稳定，建议三个月时行手术，效果明显。手术较为简单，方法为将原来的切口再次打开，将术前塑形好的钛板或其它颅骨成形材料覆盖于缺损部位，固定后缝合头皮，完成一台手术平均时间大约为两个小时。
颅骨缺损在临床上早期是为了治疗而进行颅骨去除手术，比如颅内出血、颅内血肿、颅脑外伤。早期为挽救生命，进行颅内减压，将颅骨去除以达到去骨瓣减压的治疗目的。后期随着患者病情稳定以后，颅骨缺损部位随着大气压波动，对于颅脑功能有相 应影响，甚至对血流、脑灌注、患者心理及外观均有影响。