扁平疣变成褐色，有可能是局部的病毒感染影响皮肤当中的黑色素代谢而形成。扁平疣是一种很常见的由人乳头瘤病毒感染所引起的病毒性皮肤病。
主要表现为面部、手背等处，出现肤色，或者是淡褐色的质地坚硬的小丘疹，一般为圆形或椭圆形，可以多发排列、成串。主要是人乳头瘤病毒刺激表皮细胞增殖，引起局部表皮细胞发生病变，就形成了扁平疣的损害。
一般扁平疣颜色比较浅，呈淡褐色，但是有时候如果是扁平疣持续的时间比较长，也可以变成深褐色。可能是时间久了之后，这些病毒感染引起了局部相邻的黑色素细胞功能改变，产生的色素较多。
或者是色素分布到病毒感染的角质细胞里面去，导致色素加深。但这个具体的原因，并没有太多人进行深入的研究，具体引起褐色的机制还不是特别清楚。
但是这个变褐色，也不表示扁平疣恶化、加重，还是采取正规的物理治疗或者药物治疗，也可以将这种褐色的扁平疣清除。