心内膜垫缺损相对其它手术为较大型的心脏手术，手术时间、难度、风险及术后监护室停留时间、住院时间，都与一般心脏手术不同。在护理方面，具有独特的特点，如最常见的心内膜垫缺损合并继发性肺动脉高压，此时对肺动脉压力的观测为护理的重要方面，可能需要综合治疗降低肺动脉压力。
此外，在手术早期及监护室护理中，需要观察患者的基础状态、伤口情况、生命体征、血管活性药物的使用情况及重要脏器的功能，如肾脏功能、心脏功能、呼吸道情况以及伤口创面的引流量等，出监护室转入病房后，需主要关注患者的心脏康复、呼吸功能恢复等情况。