脚底起水疱可由多种原因引起，具体如下：
1、水疱型足癣：脚部真菌感染引起水疱，即脚气。真菌感染局部后产生炎症产物，刺激局部形成炎症反应，炎症较明显时局部出现水疱，伴有明显瘙痒，可以通过做真菌检查加以明确；
2、急性湿疹：是由内外多种致命因素所诱发的变态反应炎症，比如汗疱疹由饮食刺激、气候变化、情绪波动、局部致敏物质刺激所诱发，呈复发性，难以完全根治；
3、其他原因：如机械摩擦，局部形成摩擦水疱，或者蚊虫叮咬导致水疱，还有冻伤、烫伤起水疱。少见性疾病，比如先天性大疱性表皮松解症、后天性大疱性表皮松解症，天疱疮类病变等也可以累及到脚底引起水疱。