精子畸形率90%时一般不能生育，正常精子畸形率保持在30%以下时大多能生育。当精子畸形率超过70%以上，大多是染色体异常引起，要做染色体筛查。精子畸形率90%时不建议自然受孕，也不易自然受孕，即便怀孕，也可能出现胎儿早产、流产、发育畸形，成人后可出现畸形改变。此时建议做染色体筛查，排除遗传性疾病后再挑选优质精子进行人工授精或做试管婴儿，大多选择二代试管婴儿，效果更好。
精子畸形大多由染色体改变引起，发生时要查明病因，和较多因素有关，如应用药物，包括化疗药物，或经放射性治疗。此外，前列腺炎、精索静脉曲张、腮腺炎引起的睾丸炎、睾丸结核，以及患过癌症等，均可引起精子畸形发生。