真菌性龟头炎首先需明确是否是因为真菌感染导致，若为真菌感染导致可使用口服或外用的抗真菌药物。
但是临床上较少见真菌感染的龟头炎，对于普通的龟头炎，可通过简单调整的方法治疗。若龟头炎可以好转，不需要进行抗真菌治疗，因为抗真菌治疗有时会加重龟头炎。
简单调整的方法包括翻开龟头，保持龟头的干燥，经常清洗、去除包皮垢，保持局部干燥和卫生，或者使用外用的药物，如红霉素软膏、复方多黏菌素B软膏等，消除局部的炎症反应。
部分男性看到包皮内有豆腐渣样的东西，先怀疑是否为真菌感染，可去皮肤科进行真菌的镜检，刮包皮垢或包皮内板的组织去检查有无真菌孢子。如果明确有真菌孢子的存在，可以诊断为真菌性龟头炎，再使用抗真菌治疗。
所以，除非检查发现有真菌感染的确实证据，才需要进行抗真菌治疗，一般的龟头炎通过简单的处理和用药就可以治愈。如果反复发生龟头炎，存在包皮过长，可以进行包皮的手术，能更彻底治疗龟头炎。