三叉神经痛与头面部多种疼痛性疾病相似，很难区分。三叉神经痛诊断主要依靠患者典型临床表现，容易与以下几种疾病混淆：
1、牙痛，多为炎症所致，特点是持续性胀痛、钝痛、跳痛，或出现局部牙龈异常，不向其它部位放射。口腔检查可以发现牙龈红肿，换牙后疼痛基本消失；
2、偏头痛，血管舒张失衡导致单侧头痛，常见于青年女性，有家族史，劳累、月经、情绪激动时容易发作；
3、舌咽神经痛，两种疾病疼痛性质基本相同，三叉神经痛发病率稍高。舌咽神经痛易与三叉神经痛第三支相混淆，疼痛部位在舌根部、软腭部、扁桃体或者咽部，少数表现为耳部疼痛，多位于耳声部或者耳后，疼痛呈阵发性，进食或说话吞咽时诱发疼痛发作；
4、三叉神经炎，多由流感、上颌窦炎、额窦炎、下颌骨骨髓炎、糖尿病、酒精 中毒、铅中毒、食物中毒引起，疼痛呈持续性，特点是压迫神经疼痛加重；
5、多发性硬化。
三叉神经痛容易与多种疾病混淆，只有明确诊断，才能正确、合理、有效治疗。