脑型疟疾是疟疾患者中最为严重的类型之一，脑型疟疾也会造成患者的死亡率明显上升，所以早期治疗是避免出现严重后果的重要手段。对于脑型疟疾患者，经常使用的药物是青蒿素类药物，在国内分别有两种注射用药，一类叫青蒿琥酯，另一类叫蒿甲醚，在治疗脑型疟疾效果方面较好。
除此以外，在治疗脑型疟疾的药物中，还可以使用双氢青蒿素哌喹片、磷酸萘酚喹片，这样的口服药物辅助治疗，也可以得到较好的效果。在使用这些特异性抗疟治疗药物的同时，还需要使用器官功能保护的药物，比如护肝类药物，改善患者的肝脏功能。同时可以用保护脑细胞， 加强脑细胞代谢，改善脑细胞的功能状态，促进患者快速、有效的恢复。
另外，还有改善患者微环境有帮助的药物，比如退热、电解质稳定的药物，保证体内微环境的平衡。综合治疗，可以使得脑型疟的患者能够快速、有效恢复。