目前耐药结核唯一确诊途径即通过药敏检测结果，分析患者对哪些药物产生耐药性。药敏检测有两种，包括传统表型药敏检测以及分子生物学技术，有分子生物学快速的药敏检测技术。
很多基层医院只是有传统液体和固体药敏检测结果，可以检出一线抗结核药物以及二线抗结核药物中有哪些药物产生耐药。传统药敏检测结果相对比较便宜，但检测时间较长。一般固体药敏检测结果时间是60-70天左右，液体快速药敏检测结果检出时间一般在1个月左右。现在比较先进的分子生物学药敏检测技术一般在48小时之内就可以检测出临床上常用的异烟肼、利福平耐药情况，对于诊断MDR患者，也就是耐多药结核病有非常大的早期诊断帮助。