肛门脓肿一旦诊断明确，应该手术治疗。一般抗生素治疗无效，也就是肛门脓肿不建议常规口服抗生素。在口服抗生素的前提下，也必须做手术治疗。如果需要口服抗生素，一般是广谱抗生素，如头孢类，相对效果比较好，比较安全。
另外，特殊情况下必须要应用抗生素，如果患者有糖尿病，或者心脏植入手术，这种情况下，建议常规予以抗生素治疗。比如应用头孢类广谱抗生素，规律用药3-5天。因为肛门脓肿容易引发全身性炎症反应，出现比较严重的继发感染，比如肛门脓肿可能会继发坏死性筋膜炎，可能会导致生命受到威胁，这种情况下需要应用抗生素。一般情况下健康成年人，没有严重并发症患者，在肛门脓肿的治疗上，应该首选手术治疗。药物不是首选的治疗方式，单纯的应用抗生素效果不佳。