多数情况下，腹泻的宝宝口服益生菌有用。益生菌可以修复肠道屏障、抑制病原菌黏附，还可以竞争性地排除部分致病菌、调整肠道运转、调节免疫系统功能，以帮助宝宝尽快恢复。但在以下特定情况下，不建议使用益生菌：
1、特殊治疗：如使用PICC治疗的宝宝，在应用全静脉营养的情况下，部分益生菌不推荐使用；
2、肠炎：在新生儿期，宝宝如果患有坏死性小肠结肠炎，若使用某些益生菌，则可能导致细菌通过破损的肠道黏膜，进入到宝宝的血液循环中，引起继发感染，所以这时不建议使用益生菌；
3、免疫缺陷：对于有严重免疫缺陷的宝宝，由于肠道屏障功能不健全，摄入益生菌可能会引起菌血症；
4、过敏：部分益生菌可能含有牛奶成分，所以对牛奶蛋白过敏的宝宝，不推荐用含有牛奶成分的益生菌。