淋病的病原菌称为淋病双球菌，也称为淋病奈瑟氏菌、属于革兰氏阴性需氧双球菌，以人体为唯一宿主，主要侵犯泌尿生殖系统的黏膜上皮，引起人类的淋病。
淋病双球菌和泌尿生殖系统的黏膜上皮，特别是柱状上皮、移行上皮有特殊亲和力，可以黏附在这些上皮上面。然后通过上皮细胞的间隙进入到黏膜下层，通过自身独立因子，包括外膜上蛋白，引起局部的炎症反应。
可以吸引大量的中性粒细胞等白细胞在局部聚集而引起化脓性炎症反应，表现为淋病典型的症状，包括尿急、尿频、尿痛、尿道口红肿，还有脓性的分泌物都是由淋病双球菌感染所引起。
淋病双球菌在体外抵抗力不强，所以一般都是通过直接接触，特别是性行为、性接触才能传染。通过衣物等间接传染相对比较少，但如果衣物潮湿不干燥，淋球菌可以在体外存活十几个小时，甚至1天以上就有可能间接感染他人。