肾穿刺的主要风险是大出血，但大出血的几率比较小，约1‰-3‰的患者出现大出血，其它风险是误穿内脏器官，如误穿到肝、肠，深则误穿到肾盂，少数患者因出现动静脉瘘导致血尿，但风险较小，可以用血管介入技术把破损的血管堵住。对于肾功能较差或者单侧肾萎缩的患者，肾穿刺需非常慎重，为规避风险，要先评估透析患者的肾脏、肾功能及凝血功能。只有单个肾或者对侧肾脏有萎缩的患者，或者两个肾脏均萎缩的患者，不建议做肾活检。
患者凝血功能异常或者有出血性疾病，或者最近在用抗凝抗血小板药物，容易导致穿刺时出血，所以需在凝血功能正常情况下才能做肾穿刺 ，以规避风险。血压很高的患者，要把血压控制好。