如果有特殊原因，如感染、感冒或者其它特殊问题，应给予病因治疗。如果未发现病因，应看患者是否有偏头痛病史或者有紧张性头痛病史，对症给予药物治疗，可应用改善血管痉挛的药物。
腔隙性脑梗死和头痛没有直接联系，患者患有脑梗死以后，同时伴发一种头疼，二者之间没有直接关系。脑内部的痛觉纤维主要分布在脑膜、血管表面，而腔隙性脑梗死主要由小血管闭塞引起，但闭塞以后却不会导致患者发生头疼的情况。如果患者头疼，需要询问病史，即头痛有无其它起因或者既往有无头疼病史、头疼方式、持续时间。
因为头疼与腔隙性脑梗死没有直接关系，在治疗上一方面要了解腔隙性脑梗死，按脑梗死治疗原则医治，另一方面应找到头疼的病因进行治疗。患者在治疗脑梗死的同时，头痛也会得到缓解。