久坐只有一边肩膀疼的常见原因是姿势不良、颈椎病等，具体如下：
1、坐姿不良：如果患者久坐但坐姿不良，发生扭转动作，会有一侧的肩膀肌肉痉挛紧张，引起一侧肩膀疼痛，按压斜方肌会有压痛症状，适当热敷、按摩后症状会减轻，需要端正坐姿、改变不良习惯；
2、颈椎病：可能是颈椎病发作，如患者在久坐过程中颈椎压力过大，保持固定姿势诱发颈椎病发作。神经根受到压迫可以引起一边肩膀放射性疼痛，同时会有颈部僵硬、颈椎活动受限。拍摄颈椎核磁共振能确认颈椎病诊断，需要持续颈椎牵引，局部超短波照射，口服塞来昔布胶囊、维生素B12片等药物缓解症状。
综上所述，久坐只有一边肩膀疼的患者应及时到骨科门诊就诊，由专科医生为患者进行详细的问诊、体格检查、影像学检查以明确诊断，尽早针对性地治疗。