病毒性结膜炎和细菌性结膜炎的常见区别如下所示：
1、感染微生物不同：病毒性结膜炎是由病毒感染造成，细菌性结膜炎由细菌感染所致；
2、临床表现不同：病毒性结膜炎表现为眼红、怕光、流泪，分泌物类似水、浆液状。细菌性结膜炎分泌物是黏液脓性，如同病毒性感冒会流清鼻涕，细菌性感冒流脓鼻涕；
3、病程不同：病毒性结膜炎病程较长且迁延不愈，药物治疗后效果欠佳。细菌性结膜炎病程较短，经过抗菌素治疗后可较快好转；
4、预后不同：病毒性结膜炎预后较差，因为病程长、炎症重，有时可能导致严重并发症。细菌性结膜炎经过及时治疗后可以较快将细菌消灭，对眼部造成的损伤较小。
此外，病毒性结膜炎较为少见、病情较凶险但治愈较快。病毒性结膜炎治愈较慢，并且遗留并发症、后遗症较多。