新生儿结膜炎一般不会自愈，需要通过进行适当的干预才能缓解，因为新生儿相对抵抗力比较差，本身他的泪液分泌并不是很完善，所以病原微生物进入到结膜内很难冲出体外，因此新生儿结膜炎一般需要及时进行干预才能缓解。
特别是经过产道出生的新生儿，在产道中可能会感染沙眼衣原体、肺炎球菌感染，或者流感嗜血杆菌，或者是其他菌类，都可能造成新生儿结膜发炎的情况，应该早期进行积极干预，如果处理得晚，有可能会合并全身性的感染，造成更加严重的脓毒血症。
特别是有一些感染如果控制不好，可能对新生儿的结膜，或者视力造成损伤。此外，如果母亲本身患有淋病之类的疾病，此时在生产过程中出现的结膜炎，可能需要全身用药才能控制，单纯的局部用药有时都不能够控制新生儿的结膜炎状态。
因此新生儿如果出现了结膜炎，应该分析病原微生物产生的原因，针对性的进行治疗。