咽喉囊肿一般不会自己消失，应当及时给予诊断、治疗、随诊观察。一旦囊肿发生变化，如突然肿大或破溃，应及时给予手术治疗。咽喉囊肿包括扁桃体囊肿、舌根囊肿、咽侧壁囊肿以及会厌囊肿，主要是由于咽部腺体导管口被堵塞，腺体分泌物无法正常排出，造成局部隆起、肿胀，属于良性肿物，主要由慢性感染所致。
患者在出现咽部囊肿时，要观察囊肿的大小，若囊肿较小，不影响正常生理功能，如吞咽、呼吸等，没有继发性感染引起的发热、疼痛等症状，可以进行观察。若囊肿逐渐长大到一定程度，诱发临床症状，出现咽部不适、咽痛、咳嗽、咳痰、吞咽困难， 甚至呼吸困难，可以采取手术切除的方法进行治疗，防止出现继发感染。