肝内胆管结石形成主要与肝内胆管炎症有关，如胆道感染、胆道蛔虫症、胆囊寄生虫感染等，另外一方面可能和胆道变异有关，有些胆道局部狭窄导致胆汁引流不畅，胆汁淤积，或胆汁在周围形成漩涡，可形成结晶，形成结石析出。还可能和遗传因素有关，若父亲、母亲肝内胆管结石，子女生患病几率比其他人高。
此外，和个人饮食习惯有关系，有些人饮食不规律，早饭不吃，也易形成肝内胆管结石。还和高脂饮食有关，饮食较油腻，胆固醇饮食含量较高，如吃猪脑、红烧肉等，这种高脂肪饮食，也可能导致肝内胆管结石形成。所以患者要规律饮食，健康饮食，均衡饮食。